Deurganckdok
De havenontwikkelingen en meer specifiek de bouw van het Deurganckdok hielden geen rekening met de Europese richtlijnen. Dat leidde in september 1999 tot een ingebrekestelling door de Europese Commissie. Er werden afspraken gemaakt voor de realisatie van het uit het geactualiseerde MER voortkomende compensatieplan. De Beheercommissie Natuur Linkerscheldeoever en een monitoringsprogramma werden opgestart om te waken over de realisatie van dat plan. De realisatie van de natuurcompensatiegebieden ging van start in 2002.
De Europese commissie wil jaarlijks op de hoogte gebracht worden van de verdere uitvoering van het vergunningenbeleid, de compenserende maatregelen en de resultaten van de monitoring van de natuurwaarden in het gebied. In het bijzonder gaan ze na of de compensatiemaatregelen effectief worden uitgevoerd en of er ondanks de havenuitbreiding op Linkerscheldeoever effectief een gunstige staat van instandhouding voor de betrokken habitattypes en vogelsoorten wordt bereikt.
Strategisch plan haven van Antwerpen en het Maatschappelijk Meest Haalbare Alternatief (MMHA)
In 2013 keurde de Vlaamse Regering het gewestelijk ruimtelijk uitvoeringsplan (GRUP) Zeehavengebied Antwerpen goed. Dat was de ruimtelijke en juridische vertaling van het MMHA, het Maatschappelijk Meest Haalbare Alternatief.
Met het MMHA wou de Vlaamse overheid voorzien in een ruimtelijke scheiding van havengebied en een robuuste nieuwe natuurkern in een goede staat van instandhouding daarbuiten. Het MMHA bood een tastbaar en zeker perspectief op een goede staat van instandhouding, omdat het een totaalbeeld gaf van het volledige Linkerscheldeoevergebied voor alle ruimtevragende partijen in en rond de haven. Het combineerde de uitbouw van de haven van Antwerpen met de ontwikkeling van robuuste en kwalitatieve natuurkerngebieden buiten de haven.
Vernietiging GRUP Zeehavengebied Antwerpen
Op 20 december 2016 en op 12 mei 2017 vernietigde de Raad van State het GRUP ‘Zeehavengebied Antwerpen’, behalve het westelijk deel van het Logistiek Park Waasland. Het principe van de proactieve natuurontwikkeling was volgens de Raad van State niet in overeenstemming met de Europese wetgeving. Daarmee schrapte de Raad van State meteen ook het zekere perspectief van het MMHA. Havenontwikkelingsprojecten en de daaraan verbonden natuurontwikkeling konden niet meer uitgevoerd worden.
Door de vernietiging van het GRUP was een aangepast S-IHD-besluit noodzakelijk. Het belang van een kwalitatief beheer en de optimalisatie van de bestaande gebieden werd in 2018 voor alle partners erg duidelijk: zolang er geen krachtig instandhoudingsbeleid is, is elke toekomstige havenontwikkeling onzeker. Het komt erop aan de bestaande gebieden zo goed mogelijk te laten renderen en de instandhoudingsdoelstellingen zoveel mogelijk binnen de bestaande gebieden te realiseren, ook al zijn die ‘tijdelijk’.