Ook enkele habitats zijn in het Vogelrichtlijngebied op Linkerscheldeoever opgenomen. Ze zijn ondergebracht in twee grote landschapstypes: het estuarium en de terrestrische wetlands.
De doelen voor deze habitats staan deels in functie van de instandhoudingsdoelstellingen van het Habitatrichtlijngebied ‘BE 2300006 Schelde- en Durme-estuarium van de Nederlandse grens tot Gent’. Maar ze zijn in het Vogelrichtlijngebied vooral van belang als leefgebied voor de vogelsoorten van de leefgebieden zoete en zilte natuurweiden, begraasd schor, slikken met eilanden en strand en plas.
xxx